案例提供：医院急诊科
病史及主诉
男，76岁，11月6日，下午15点左右掉进河沟，右侧手大鱼际部位划破，伤口2mm，流血少许，当天晚上出现寒战，咳嗽咳痰，未予重视，次日自觉右手红肿热痛家中，伴寒战，发热，医院就诊。
外院CT示两侧慢性支气管炎改变，两肺坠积性改变，予阿莫西林克拉维酸抗感染，补液支持治疗，患者发热，手部红肿热痛无缓解。为进一步诊治，11月8日前往医院急诊科治疗，以“右手外伤3天”入院。
入院检查
急诊辅助检查：体温39℃，血压94/45mmHg，心率bpm,查血红蛋白g/L，血小板50X10^9/L,白细胞18.49X10^9/L，中性粒细胞百分比87.2%，C反应蛋白＞90mg/L，降钙素原7.16ng/mL。为进一步诊治，收入急诊监护室，病程中，患者神清，胃纳可，睡眠可，二便正常，体重无明显变化。
急诊监护室体格检查：T:38.8℃，P:78次/分，R:18次/分，BP:/62mmHg，神志清晰，精神尚可，呼吸平稳，查体合作。除巩膜轻度黄染，右手大鱼际肌部位见2mm破口，表面覆有黄脓液，周围皮肤红痛，热，压之疼痛明显外，无其他异常。
临床初步诊断
1.手感染：患者3天前有手外伤史，手部有红肿热痛表现，血炎症指标高，故诊断。
2.脓毒血症：患者有明确感染部位，SOFA评分5分，故诊断。
3.肺部感染：患者外院CT提示两侧慢性支气管炎改变，两肺坠积性改变，故诊断。
手部感染病原体鉴别诊断
1
金黄色葡萄球菌：该患者为外伤后皮肤软组织感染，故需首先考虑金黄色葡萄球菌感染。该患者手部流黄脓液，伴周围皮肤红肿热痛，白细胞及中性粒细胞增高，可符合金葡菌感染的一般特征，进一步仍有待于脓液培养鉴定，病原宏基因组学（mNGS）检测等以明确。
2
破伤风芽孢梭菌：该患者在野外划伤手部，伤口较深，有组织坏死，故需考虑合并破伤风感染的可能。该病潜伏期可长可短，一般暴露后7-10天发病，典型表现为牙关紧闭，角弓反张，烦躁易激惹。本例患者无相关临床表现，自述外伤后接种破伤风免疫球蛋白，故该病诊断依据不足，待完善手部脓液涂片及病原宏基因组学（mNGS)检测，随访病情变化等进一步明确。
3
非结核分枝杆菌：该患者在水中划伤手部，也需要警惕非结核分枝杆菌感染可能。该病潜伏气长，局部可有红斑、丘疹、脓疱、结节等多种疾病，组织病理为感染性肉芽肿，确诊有赖于培养或病原宏基因组学（mNGS）检测。
其它检测结果及进一步诊断
患者脓液细菌培养阴性，涂片未见细菌、真菌与抗酸杆菌，隐球菌荚膜抗原定性实验阴性，九项呼吸道感染病原体IgM抗体检测阴性，EB病毒壳抗体IgA/IgM阴性，粪便未见虫卵。
11月9日，院方采集患者手部脓液至微远基因进行IDseq?检测，11月10日，检测结果回报检出维氏气单胞菌特异性序列数条，相对丰度约为99.3%。
维氏气单胞菌检测序列数列表
维氏气单胞菌基因组覆盖度图
检测结果反馈临床后，临床考虑气单胞菌为水生生态系统的常居菌，广泛分布于地下水，水库，清洁或污染的湖泊或河流等，有患者外伤性损伤后接触水源引起伤口感染，坏死性筋膜炎、败血症等疾病的报道，结合患者病史，维氏气单胞菌感染可能性大。因此临床在手部伤口切开引流的同时使用三代头孢和甲硝唑抗感染针对性治疗，患者各项指标恢复明显。
经验与体会
患者因特殊情况右手出现外部损伤，病情进展迅速，出现脓毒血症。临床也针对患者的特殊病史做出初步考量和预判，如外伤后皮肤软组织感染最常见的金黄色葡萄球菌，以及非结核分枝杆菌，并及时采取脓液引流处理。
然而培养阴性，常见的病原体检测阴性，遂考虑借用二代测序来明确病因，维氏气单胞菌高序列检出，与患者病史相关，对确诊患者感染病因意义重大。
考虑到不同种气单胞菌菌种在体内和体外致病力相差很大，临床要求将分离自无菌部位（血液和脑脊液特）和严重伤口感染的菌株鉴定到种，相比于培养，本案例也同时体现了病原宏基因组学（mNGS）鉴种分型的优势。
IDseq?为疑难危重感染保驾护航
IDseq?从海量宏基因组数据中探明感染微生物，实现感染性疾病病原体的快速、准确和全面鉴定，辅助临床感染诊疗，为疑难危重感染保驾护航。
我们深深明了，每一份珍贵标本的背后，
都有一位亟待救治的病患。
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