端午节习俗用到中药材非常多，艾草、菖蒲，粽叶，粽子里包的糯米和红枣、赤豆，香囊里一些芳香药材如丁香、白芷、藿香、紫苏、薄荷等，还有雄黄都是中药材。
常用箬叶、箸叶、芦苇叶等作粽叶包裹粽子，箬竹等粽叶具有清热止血、解毒消肿、治吐血、下血、小便不利、痈肿等功效。现代研究箬竹的叶多糖物具有抗癌能力。夏日里用粽叶包裹糯米及配料做粽子，可使食物得以较长时间的保存而不变质，粽叶还是天然的“防腐剂”。
端午节人们就会在大门两侧插艾条、挂菖蒲，取义“蕲艾为帜招吉庆，菖蒲作剑斩妖魔”。从中药材的角度来看，两种植物也有重要药用价值。
艾草常见于村庄房前屋后荒地、路旁河边及山坡等地，是旱地植物，分布很广。艾草作为中医常用到的中草药，性温，具有散寒除湿、温经止血等功效。同时，它的茎、叶都含有挥发性芳香油，可驱蚊蝇，净化空气。现在比较多是艾灸，将艾叶捣成绒，制成艾条、艾柱，外灸能散寒止痛，温煦气血。艾叶烟熏时产生的烟气，可抑制病毒和细菌在空气中传播，且对人无害。除了熏制，艾叶还可内服和外敷。以艾叶为主要成分的中成药，如艾附暖宫丸、当归调经丸可治疗月经不调、宫冷不孕等妇科病。艾叶在内服药汤药中，常常是炒制后使用，如醋艾炭。需要提醒的是，有鼻炎、哮喘等呼吸系统疾病的人，要慎熏艾叶，以免引起过敏而使病症加重。同时，湿热体质的人也要慎用。
菖蒲一般生长在水湿地中，常见水边、沼泽湿地或湖泊岸边上。载入国家药典的是石菖蒲，多生在山涧水石空隙中或山沟流水砾石间、水溪岸边。菖蒲有香气，可开窍醒神。同时，菖蒲的叶子形状似剑，民间称之为“水剑”，寓意其可“斩千邪”。因此，人们过端午节时，常在门前悬挂菖蒲。不仅如此，菖蒲药用价值也很大。从中医角度看，菖蒲性温味辛，主入心、胃二经，化湿开胃，开窍豁痰，醒神益智。既能除痰利心窍，又能化湿以和中。不少中医方剂如萆薢分清饮、连朴饮、菖蒲郁金汤等都以菖蒲作为主要配方，可治疗头晕、健忘、失眠，并可开胃理气及健脾利湿等。菖蒲虽适用于大部分人群，但根据个人体质差异，需要咨询医生后辨证服用。
雄黄是端午节里另一种重要中药。在端午节这天，传统习俗成年人要喝雄黄酒，还要蘸着雄黄在小孩的额头上写个“王”字，叫作“画王老虎”，耳朵、鼻子等处也要抹上雄黄酒，用虎辟邪，达到镇百怪、避虫毒的目的。
雄黄作为药用，历史悠久，在长沙马王堆出土的帛书《五十二病方》中，即有用雄黄治疗疥癣的记载。成书于东汉时期的药物学专著《神农本草经》中，即将其列为中品，载其“主寒热、鼠瘘、恶疮、疽痔、死肌、杀精物恶鬼邪气百虫毒”。《本草纲目》谓其为“治疮杀毒要药也。”
现代中药认为雄黄主含二硫化二砷，辛苦、温，有大毒，界定其功能解毒杀虫、燥湿祛痰、截疟、定惊，主要用于痈疽疔疮、蛇虫咬伤、虫积腹痛、癫痫、破伤风、哮喘、疟疾及疥癣、麻风。临床广泛用于痈疽疔疮、癌瘤积毒、痰盛惊风、虫疥湿癣。现行国家药典和部颁标准中，尚有数十种中成方制剂中用到雄黄。
雄黄有很强的除害作用，它是我国古代夏季除害灭病的主要消毒药剂，古人经常将雄黄酒喷洒在床下、墙角等阴暗地方，以避毒虫危害。这些活动，从卫生角度来看，还是有科学道理的。雄黄加水和酒洒于室内可消毒杀菌。饮雄黄酒以及用雄黄避鬼邪的某些活动已少见。当然，雄黄有毒，要注意适量安全。通常现在已不再使用雄黄辟邪杀虫，不再配制和饮用雄黄酒了。
端午节这天，不少地区还有上山挖煮药材制凉茶风俗。制作凉茶的草药很多，如夏枯草、桑叶、薄荷、淡竹叶、鱼腥草、车前草、麦冬、野菊花、海金沙、益母草、绣花针、土茵陈、六月雪、溪黄草、贯众等。俗话说“端午节前都是草，到了端午便成药。”大概是因端午前后草药地上部分生长茂盛成熟，药性好的原因，很多药材也在此时采收。
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